物語の舞台は19世紀イギリス、ヴィクトリア朝の時代。産業革命により飛躍的に経済が発展したことで、人々の生活は豊かになった。そしていつしか人間は妖精が隣人だった一昔前のことなど忘れ去り、妖精はお伽話の中だけの存在となっていた。
妖精の姿が見え、話ができる少女・リディアは、スコットランドの片田舎で亡き母の後を継ぎ「妖精博士」として生活を送っていた。仕事の依頼を待つもろくなものはなく、町の人々には変わり者扱いされる日々。そんなある日、父と共に復活祭を過ごすために乗り込んだ船の上でとある陰謀に巻き込まれ、船室に潜んでいた謎の青年・エドガーに助け出される。彼を警戒しつつも妖精博士として依頼を受けたことから、エドガーを取り巻く壮大な事件の数々に巻き込まれていくことになる。
次第に明らかになるエドガーの過去や、彼を狙う組織との戦いを経て、ふたりは少しずつ絆を深めていく。
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妖精の姿が見え、話もすることができる少女。気が強くお人好し。エドガーが伯爵になるのを助けた縁で妖精博士として雇われ、振り回されることになる。
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輝くような金髪と灰紫の瞳が印象的な美貌の青年。リディアを口説こうとする、アシェンバート伯爵家当主。
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リディアの昔なじみの妖精。青年の姿をしているが、正体は人間を惑わして食べてしまう獰猛な水棲馬。
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エドガーの元従者。動きやすいよう、常に男装をしている痩身の美女。エドガーに想いを寄せるあまり、ある秘密を抱えていた。
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褐色の肌に黒髪の少年。非常に高い戦闘力を持つ、エドガーの忠実な従者。アーミンの弟。
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猫扱いされることを極度に嫌う、灰色の長毛猫の姿をした妖精。リディアを見守る、唯一無二の相棒。
